Bibó István apai ágon református kisnemesi eredetű ősei gazdálkodóként vagy jogvégzett hivatalnokként éltek nemzedékeken át Kiskunhalason a város cívis-közösségében. Apja, id. Bibó István Budapesten született 1877-ben, és 1935-ben Szegeden halt meg, az egyetem könyvtárának igazgatójaként. Édesanyja tolnai katolikus sváb gazdálkodó családból származott, így Bibó István a református, testvére, Bibó Irén a katolikus vallás szerint nevelkedett, mindenfajta felekezeti feszültség nélkül. A család 1924-ben költözött Szegedre. A szegedi piaristáknál érettségizett és a szegedi egyetem jogi karára iratkozott be 1929-ben. A szegedi Ferenc József Tudományegyetemen 1933-ban államtudományi, 1934-ben jogtudományi diplomát szerzett. 1933–1934-ben Bécsben, majd Genfben folytatta tanulmányait. Apja példáját követve egyetemi-tudományos pályára készült, mert gyerekkora óta a történelem, a szociológia, a politika, a jog és ezek határterületei érdekelték, s ezt az érdeklődést a kamaszként átélt trianoni sokk csak elmélyítette.

Egyetemi évei alatt erősödött meg a politika iránti – egyelőre inkább csak tudományos – érdeklődése. Ez elsősorban Reitzer Bélával és Erdei Ferenccel kialakult hármas barátságának volt köszönhető. Bár nem egyforma színezettel – mindhárman baloldalinak vallották magukat. Bibó István 1935-től az Igazságügy-minisztériumban dolgozott. 1940-ben megnősült, a konzervatív református püspök, Ravasz László leányát, Ravasz Boriskát vette feleségül. 1944 nyarán árja-zsidó házaspároknak és magános bujkálóknak adott ki mentesítő igazolásokat, amiért októberben, a nyilas hatalomátvétel után a Gestapo letartóztatta. Minisztériumi felettesei közbenjárására néhány nap múlva kiengedték, de ettől kezdve bujkálnia kellett. Budapest ostromát hároméves kisfiával és másodszor várandós feleségével a Ráday utcai Református Teológia pincéjében, illetve apósa ottani szolgálati lakásában élték át, s mikor kislánya a közeli – fűtetlen és kitört ablakú – kórházban február 2-án megszületett, Budán még folytak a harcok. Budai lakásukba csak 1946 nyarán tudtak visszaköltözni.

A második világháború után a Válasz c. folyóirat rendszeres szerzője. Jelentős munkája a Valóság c. folyóirat 1945. októberi számában megjelent A magyar demokrácia válsága című írása, mely nagy vitát gerjesztett. Talán egész életének legkifogásolhatóbb mozzanata, hogy jobb meggyőződése ellenére aktívan részt vett a németek világháború utáni kitelepítésében, igaz, saját visszaemlékezése szerint a visszaélések enyhítésének, és a folyamat minél rendezettebb lebonyolításának a szándékával. A folyamatban való részvételének köszönhető azonban az is, hogy Schmidt Henrik professzort és családját megóvhatta a kitelepítéstől.

1945 február végétől a Debrecenben megalakult új magyar kormány Erdei Ferenc által vezetett Belügyminisztériumában a közigazgatási osztály vezetője lett, és legfőbb munkája az 1945. novemberi választások törvényi előkészítése és lebonyolítása volt. 1945 folyamán három memorandumban is szót emelt a magyarországi svábok durva és igazságtalan kitelepítése ellen, és javaslataival igyekezett az elkerülhetetlen kitelepítéseket szabályozottá tenni; mivel azonban ez nem az általa vezetett osztály feladatköre volt, komoly eredményt nem sikerült elérnie.

1946 júliusában kilépett a minisztérium szolgálatából, s egyetemi tanári és tanszékvezetői kinevezést kapott a szegedi egyetem jogi karának Politika Tanszékére. Munkája mellett 1945–1948 között országszerte igen sok előadást tartott, és politikai elemző tanulmányokat írt különböző lapokba. Hivatali, közéleti és publicisztikai tevékenysége ezekben az években egyformán arra irányult, hogy az 1945-ben remélt és megindult demokratikus átalakulás ne akadjon el a politikai félelmek logikája szerint. A háború utáni első jelentős cikke (A magyar demokrácia válsága, Valóság, 1945 december) éppúgy erről szól, mint A kelet-európai kisállamok nyomorúsága című tanulmánya és a Válasz folyóirat 1949-es megszűnéséig ott megjelent legfontosabb írásai: Békeszerződés és demokrácia (1946), Eltorzult magyar alkat, zsákutcás magyar történelem (1948), Zsidókérdés Magyarországon 1944 után (1948). 1949 tavaszára publikációs lehetőségei – a Válasszal együtt – végleg megszűntek. Mivel nem marxista szellemben gondolkozott, írt és tanított, 1948-ban Szegeden rendelkezési állományba helyezték. Megbízott igazgatói állását a Kelet-európai Intézetnél átszervezés címén 1949-ben megszüntették csakúgy, mint 1947-ben elnyert akadémiai tagságát. 1950-ben eltávolították az egyetemről, s  1951 januárjától a budapesti Egyetemi Könyvtárban kapott könyvtárosi állást tudományos főmunkatársként. Fizetése ezzel a felére csökkent, miközben a gyerekek már hárman voltak: 1949 szeptemberében megszületett második lánya.

1946 júliusától 1950-ig a Szegedi Tudományegyetem professzora. Professzori státuszától való megfosztása és állásának elvesztése után 1951-től az ELTE Egyetemi Könyvtár tudományos főmunkatársa lett.