Baló József a Pázmány Péter Tudományegyetem Orvostudományi Karán végzett, s itt kezdte oktatói pályafutását is. 1928-ban kapott meghívást a szegedi Ferenc József Tudományegyetemre a Kórbonctani és Kórszövettani Intézet élére, melynek igazgatását 1945-ig végezte.
Egyik fő kutatási területe a daganatpatológia volt, a tüdőrák patológiájára vonatkozó kutatásai külföldön is elismerést váltottak ki, s jelentős szerepet játszott a daganatellenes gyógyszerkutatásban.
Lapis Károly búcsúztatójában „a magyar patológia iskolateremtő nagy alakjától, orvosgenerációk tanítómesterétől, a nemzetközi hírű tudóstól, a melegszívű, puritán, mindig szerény embertől” köszönt el.