Pest, 1863. január 4. — Szeged, 1922. szeptember 27.
Apáthy István érdeklődése már orvosi tanulmányai idején az idegszövettan felé fordult, s zoológiai munkássága is e kutatások jegyében telt. Megalkotta az idegsejtek ingerület-vezető képességének elméletét (Apáthy-féle kontinuitás), s számos mikrotechnikai eljárást dolgozott ki (pl. Apáthy-féle rögzítés, Apáthy-féle festés).
1890-től a Ferenc József Tudományegyetem Állattani Intézetében dolgozott és oktatott, „a nagy humanista polihisztorokra emlékeztető tudós, nagy koncepciójú előadó és szónok volt” – írja róla Devich Andor. Világhírű rangra emelte az Állattani Intézetet, melynek új épületeit is ő tervezte. Támogatta az egyetem Szegedre kerülését, azonban itt már sajnos csak rövid ideig folytathatta oktatói-kutatói tevékenységét.
Márki Sándor így búcsúztatta 1922-ben: „Mert az ő neve már régen be van írva a természettudományok történelmébe, hol a mikroszkópiumi vizsgálatok módszereinek, az idegrendszer finomabb szerkezetének s általán az összehasonlító szövettan legkiválóbb művelőinek, sőt úttörőinek sorában ragyog.”
Apáthy István középiskolai tanulmányait a Magyar Királyi Tanárképző Intézet Gyakorló Gimnáziumában folytatta (Budapest). Egyetemi tanulmányait a Budapesti Pázmány Péter Tudományegyetem orvoskarán végezte el és itt kapott 1885-ben orvosdoktori oklevelet. Az egyetemen nagy hatással volt rá Margó Tivadar zoológus, így elvégzése után tanársegéd lett mellette az Összehasonlító Bonctani és Zoológiai Intézetben, majd ugyanitt 1888-ban magántanári képesítést kapott.
1890. január 20-án nyilvános rendkívüli tanári kinevezést kapott a kolozsvári Ferenc József Tudományegyetem Állattani Intézetébe. Nyilvános rendes tanári kinevezését 1891-ben kapta meg, majd 1893-ban tanszékvezető lett. 1894–1895-ben, 1900–1902-ben és 1911–1912-ben a Matematikai és Természettudományi Kar dékánja, 1903–1904-ben az egyetem rektora.
A Magyar Tudományos Akadémia 1898-ban választotta tagjai közé, Entz Géza és Daday Jenő e szavakkal ajánlották őt:
1884-től kezdve lankadatlan szorgalommal foglalkozik zoológiai, különösen finom szövettani tanulmányokkal s beható vizsgálataival ma már nemcsak hazánkban emelkedett a legelső histologusok közé. Legújabb dolgozata, mely az idegrendszer vezető elemeit tárgyalja, egyenesen úttörő s új irányt jelölő munka értékével bír, melyet az illetékes szakbúvárok a legnagyobb elismeréssel emlegetnek. […] Apáthy István a szaktudománya körébe tartozó kérdések búvárlatában nemcsak kitartóan fáradozik, hanem egyszersmind kiváló eredményekkel gazdagítja a tudományt; dolgozatai közül nem egynek adatai hézagot pótolnak a magyar faunára vonatkozó ismereteinkben is.
Tagajánlás, 1898
1900-ban a párizsi világkiállításon az új Állattani Intézet tervével nagyérmet kapott. Az Intézet építésére 1907–1909 között került sor, mely Európa egyik legmodernebb felsőoktatási és kutatóintézete lett. Az új épületet Apponyi Albert vallás- és közoktatásügyi miniszter avatta föl 1909. május 18-án.
Amikor Apáthy 1890-ben Kolozsvárott professzor lett, az állattani intézet a Mikó-féle kis nyaralóban volt elhelyezve. Ebben volt eredetileg az Erdélyi Múzeum Egyesület mindenféle gyűjteménye is. 1873-ban, az állattárt kivéve, a gyűjteményeket elvitték, és így az állattani intézet céljaira összesen három szoba állott rendelkezésre. Ezt örökölte Apáthy id. Entz Gézától. A kis nyaraló pincéjének, padlásának, sőt lépcsőházának minden zugát használhatóvá tette, dolgozó helyiségekké alakította Apáthy. Az intézet állapotára jellemző volt, hogy a könyvtár volt egyben a professzor fogadó és dolgozó szobája. Itt végezte minden munkáját 1896-ig. Ekkortól miniszteri engedéllyel az állattani intézet részére bérelhetett még két helyiséget abban a házban, amelyben lakása is volt. Átalakításaival, gyűjtéseivel, preparátumaival úgy alakította ki folyamatosan intézetét, hogy az az Erdélyi Múzeum Egyesület most már tekintélyes állatgyűjteményével együtt, elég hathatós eszközévé vált a magyar közművelődés előmozdításának. Mindezek ellenére még mindig nem volt elég helye a hallgatóknak és a vendégkutatóknak, mert ideiglenesen ugyan, de az állattani intézethez csatolták az ugyancsak Apáthy által vezetett szövet- és fejlődéstani intézetet is. Ez indította arra, hogy korszerű állattani intézetet létesítsen. Ennek terveit 1896-ban a millenniumi és 1900-ban a párizsi világkiállításon mutatta be. […] Az új intézet klasszicista stílusban épült fel a Mikó-kertben és 1909-ben nyitották meg.
Devich Andor: Magister mundi
Apáthy 1906 óta volt a Károlyi Mihály-féle Függetlenségi Párt tagja. Az őszirózsás forradalom idején, 1918. október 31-től a Kolozsvári Nemzeti Tanács elnöke, majd 1918. december 7-én Kelet-Magyarország főkormánybiztosa lett, s Károlyitól ajánlatot kapott a kultuszminiszteri tisztségre is; ezt azonban visszautasította. 1919. január 15-én az ideiglenes román adminisztráció letartóztatta, majd első fokon ötévi kényszermunkára ítélték. Végül másodfokon felmentették, s 1919. december 22-én szabadult; 1920. augusztus 7-én léphette át az új magyar határt.
Hosszas budapesti kórházi kezelés után bekapcsolódott a kolozsvári egyetem újjászervezésébe, s az egyetem Szegedre kerülését támogatta. Az egyetemmel maga is Szegedre költözött, s 1921–1922-ben az Állattani és Összehasonlító Boncolástani Intézet és Gyűjteménytár tanszékvezetőjeként újra működőképessé tette az intézetet.
A börtönbeli megpróbáltatások azonban súlyos egészségromlást okoztak nála, így szegedi munkálkodása rövid lett: 1922. szeptember 27-én elhunyt Szegeden. Az egyetem aulájában ravatalozták föl, temetésén Márki Sándor és Győrffy István mondott búcsúztatót; díszsírhelye a szegedi Belvárosi temetőben található (X. parcella).




